Os primeiros habitantes do local onde hoje está situado o município de Bequimão, assim como em todo o Brasil, foram os povos indígenas. Em seguida, vieram os colonizadores portugueses e os escravos que os serviam. Nessa época, o povoado era conhecido como Cabeceiras, por estar situado às margens (ou à cabeceira) do Rio Itapetininga.

Mais tarde, a Igreja Católica recebeu doação de uma área para construção de capela dedicada a Santo Antônio, por isso a Freguesia recebeu o nome de Santo Antônio e Almas. A ideia partiu de Antônio Rodrigues.

As condições climáticas e de solo, já que o município é privilegiado pela diversidade de biomas, atraíram novos moradores, o que favoreceu o desenvolvimento da localidade. Logo cresceria a vontade de tornar aquele povoado, que fazia parte de Alcântara, um município. Foi aí que os habitantes se organizaram, tendo à frente o capitão José Mariano Gomes de Castro e Holfênio João Cantanhedo, e buscaram a emancipação, que ocorreu 1923. Instituiu-se, então, o município de Godofredo Viana, nome do então governador do Estado do Maranhão.

A atual denominação de Bequimão aconteceu sete anos depois, em 1930, pelo decreto estadual nº 7, de 24 de novembro de 1930. Mas, no ano seguinte, o município voltou a perder sua autonomia, que seria restaurada quatro anos depois, por meio do decreto estadual nº 855, de 19 de junho de 1935.

Quem nasce em Bequimão é bequimoense ou bequimãoense.